小米5s优化系统运行流畅性的方法主要包括以下几个方面：
1. 系统更新：保持系统更新至最新版本，例如MIUI V8.5.3.0，它以优化和修复为主，可以为设备带来更稳定的体验【7?来源】。
2. 关闭不必要的自启动应用：通过安全中心中的优化加速功能，管理自启动应用，关闭那些不必要的后台自启动程序，以此节省运行内存【5?来源】。
3. 卸载不常用的应用：进入应用卸载功能，卸载不常用的软件应用，释放存储空间【5?来源】。
4. 清理垃圾文件：定期清理手机中的垃圾文件，释放存储空间，可以提高系统运行效率【5?来源】。
5. 使用官方稳定版ROM：避免使用非官方或者测试版的ROM，因为这些版本可能存在不稳定的因素，导致系统卡顿【6?来源】。
6. 管理锁定的应用任务：在设置中管理锁定的应用任务，合理安排后台运行的应用，以保证系统流畅【5?来源】。
7. 设置锁屏清理内存：在设置中设定锁屏后清理运行内存的时间，避免长时间无用的后台程序占用内存【5?来源】。
8. 关闭系统推荐广告：关闭系统界面中的推荐广告，减少不必要的内存和处理器占用【5?来源】。
通过上述方法，可以有效地优化小米5s的系统性能，使其运行更加流畅。此外，保持良好的使用习惯，比如不过度装载数量众多的应用程序，不过度依赖动画效果，也能在一定程度上提升系统运行的流畅度。
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